Mae prosiect EuroBlight yn archwilio esblygiad parhaus malltod hwyr y tatws feirws (Phytophthora infestans).
Yn 2017, cafodd bron i 1500 o samplau o 16 gwlad yn Ewrop eu genoteipio.
Mae'r canlyniadau'n dangos bod clonau newydd yn parhau i ledaenu.
Canfyddiadau diweddaraf
Roedd tua 75% o'r samplau yn perthyn i linachau clonal diffiniedig a welwyd hefyd mewn tymhorau blaenorol.
Mae rhai clonau yn eang ac wedi bod yn bresennol yn Ewrop am fwy na degawd, ond cynyddodd tri chlon sy'n dod i'r amlwg (EU_37_A2, EU_36_A2 ac EU_41) eu hamledd cyfun o 10% yn 2016 i 28% o'r boblogaeth yn 2017.
Dros yr un cyfnod, gostyngodd genoteip 13_A2 o dros 30% i lai nag 20% o'r boblogaeth.
Roedd chwarter y boblogaeth, yn bennaf o ran Nordig Ewrop, yn cynnwys ynysoedd byrhoedlog, amrywiol yn enetig sy'n gyson ag inocwl a gludir gan yr oospore. Gwelwyd patrwm rhanbarthol clir ym goruchafiaeth clonau yn erbyn ailgyfuno rhywiol ledled Ewrop.
Trafodir rhai o oblygiadau'r dadleoliadau hyn a newidiadau parhaus.
Methodoleg
Ers iddo gyrraedd y bedwaredd ganrif ar bymtheg, mae Phytophthora infestans, achos malltod hwyr tatws, wedi parhau i fod yn fygythiad difrifol i gynhyrchu tatws Ewropeaidd. Er ein bod bellach mewn gwell sefyllfa i reoli'r afiechyd nag yn y gorffennol, mae poblogaethau pathogen esblygol yn parhau i herio arferion rheoli integredig.
Gwelwyd newidiadau cyflym ym mhoblogaethau P. infestans sy'n achosi malltod hwyr yn Ewrop, America ac Asia, gan gynnwys ymddangosiad straenau gyda mwy o ymosodol neu lai o sensitifrwydd ffwngladdiad. Yn wir, mae'r newidiadau ym mhoblogaethau P. infestans yn dylanwadu'n uniongyrchol ar ddatblygiad a defnydd cyltifarau gwrthsefyll, perfformiad systemau rhybuddio afiechydon ac effeithiolrwydd cynhyrchion amddiffyn planhigion.
(Cliciwch i ehangu)
Enghraifft o achos malltod hwyr wedi'i gynnwys yng nghronfa ddata Euroblight
Felly, cynigiwyd monitro pathogenau cydgysylltiedig a pharhaus gan gonsortiwm EuroBlight yn ei gyfarfod yn 2013, ac mae bellach yn cael ei weithredu fel gweithgaredd monitro ledled yr UE, gan gynnwys yr holl randdeiliaid.
Rydym yn parhau i fonitro poblogaethau a nodweddu'r genoteipiau ymledol i helpu i optimeiddio strategaethau IPM, fel sy'n ofynnol gan Cyfarwyddeb yr UE 2009/128 / EC ar ddefnydd cynaliadwy o gynhyrchion amddiffyn planhigion.
Enghraifft o Gerdyn FTA un sampl. Defnyddir cardiau FTA yn gyffredin i gymryd a chadw Samplau DNA.
Fel mewn blynyddoedd blaenorol, dosbarthwyd 'cardiau FTA' i 'sgowtiaid' afiechyd ar draws y diwydiant, a ymwelodd â chnydau wedi'u heintio â malltod. Pwyswyd dail â chlefydau ar y cardiau a'u dychwelyd i'r labordai lle cafodd y DNA pathogen ei olion bysedd yn Sefydliad James Hutton ac INRA Rennes. Mae'r data olion bysedd DNA yn diffinio llinachau clonal y pathogen, ac mae'n cael ei gyfuno â data geo-leoliad i blotio'r amrywiaeth ledled Ewrop. Roedd pwysau afiechyd yn 2017 yn is na’r pwysau yn 2016, a leihaodd amlder a dosbarthiad y samplu ychydig.
Casglwyd tua 1500 o samplau gan fwy nag 20 o bartneriaid ar draws 16 o wledydd Ewropeaidd. Fel mewn blynyddoedd blaenorol, mae data ymgyrch 'Ymladd yn Erbyn Malltod' Tatws AHDB o gnydau ym Mhrydain Fawr (Prydain Fawr) wedi'i gynnwys. Cynhwysir hefyd ddata gan bartneriaid yn y Prosiect IPMBlight2.0, sydd hefyd yn cynhyrchu data ffenoteip pathogen i gefnogi strategaethau IPM. Mae'r data cyfun o 2013-2017 bellach yn cynnwys dros 6347 o samplau o 34 gwlad. Gyda chefnogaeth grwpiau rhyngwladol, cofnodwyd data hefyd ar gyfer rhannau o Asia, De America a Gogledd Affrica.
Canfyddiadau
Dros y pum mlynedd diwethaf, roedd 60-79% o'r boblogaeth yn cynnwys llinachau clonal hysbys sy'n digwydd eto bob tymor. Roedd y samplau a oedd yn weddill yn genoteipiau newydd, amrywiol yn enetig a ddarganfuwyd yn bennaf mewn un lleoliad mewn un tymor ac wedi'u grwpio mewn categori o'r enw 'Arall' (isod).
(Cliciwch i gyrchu cronfa ddata ryngweithiol)
Mapio genoteipiau Phytophthora infestans a ddarganfuwyd ar draws Ewrop yn samplu EuroBlight yn ystod 2017. Cliciwch y ddelwedd i gael mynediad at fersiwn ryngweithiol o'r map hwn. (Trwy garedigrwydd: Euroblight 2018)
Yn 2017, gostyngodd clôn EU_13_A2 (glas-13) o 31% o'r samplau i 19% a oedd, am y tro cyntaf, yn is nag un EU_6_A1 (23%).
Mae dosbarthiad byd-eang y clôn ymosodol EU_13_A2 a'i wrthwynebiad i metalaxyl yn parhau i effeithio ar effeithiolrwydd rheoli yn Ewrop, rhannau o Asia a Gogledd Affrica, gan atgyfnerthu'r angen am ddata pathogen i gefnogi arferion gorau IPM.
Roedd amlder EU_6_A1 yn sefydlog, ond arhosodd y clôn hwn yn lleol i Brydain Fawr, Ffrainc ac un sampl o Wlad Belg.
Gostyngodd amlder EU_1_A1 ymhellach o 4.5 i 2.2% o'r boblogaeth, ac fe'i canfuwyd yn yr un gwledydd ag EU_6_A1.
Mae tri chlon newydd wedi bod yn disodli'r genoteipiau uchod ac wedi cynyddu eu hystod yn 2017.
- Genoteip UE_36_A2 cafodd ei samplu gyntaf ar amleddau isel yn yr ardaloedd tatws â starts yn yr Almaen a'r Iseldiroedd yn 2014 a 2015.
Dros 2016 a 2017, cynyddodd ei achosion o 3.7 i 8.8% o'r boblogaeth, ac mae wedi lledaenu ar draws yr Iseldiroedd i Wlad Belg, Prydain Fawr, Denmarc a Gwlad Pwyl. - Genoteip UE_37_A2 cafodd ei ganfod gyntaf yn Noordoostpolder yn yr Iseldiroedd yn 2013, ac arhosodd yn lleol ar amledd isel yn 2014 a 2015.
Cynyddodd i 5.5% o'r boblogaeth a samplwyd yn 2016, ac yn 2017 cyrhaeddodd 14.4%, gan ymsefydlu hefyd yn Lloegr, Gwlad Belg a gogledd Ffrainc. - Genoteip UE_41 ei recordio gyntaf yn Nenmarc yn 2013.
Mae bellach wedi sefydlu, gan ffurfio 4.5% o boblogaeth 2017 ac wedi lledaenu i dde Norwy a Sweden ac i ogledd Gwlad Pwyl mewn patrwm sy'n gyson â gwasgariad yn yr awyr. Mae'r prawf paru EU_41 yn yr arfaeth.
Mae goroesiad a lledaeniad y clonau hyn, pan fydd eraill yn lleihau neu wedi methu â sefydlu, yn awgrymu eu bod yn esblygiadol ffit ac y gallant beri heriau i reoli clefydau.
Llai o sensitifrwydd i fluazinam oedd adroddwyd yn EU_37_A2 gan Brifysgol Wageningen yn 2017, Sy'n cael goblygiadau ar arferion rheoli. Fodd bynnag, nid oes unrhyw wybodaeth ar gael eto ar sensitifrwydd y clonau eraill i gynhwysion actif ffwngladdiad.
Yn olaf, roedd y samplau 'Arall' amrywiol yn enetig yn cynnwys 25% o'r boblogaeth, ac yn aros ar yr amledd uchaf yn nwyrain a gogledd-ddwyrain Ewrop. Mewn cyferbyniad â rhai clonau, nid yw'r nodweddion sydd gan yr ynysoedd 'Arall' a chlonau eraill yn hysbys eto. Fodd bynnag, mae'r Prosiect IPMBlight2.0 wedi cychwyn astudiaeth fanwl o nodweddion ynysigau clonal ac ailgyfuno rhywiol i helpu i wella rheolaeth a rhagweld malltod hwyr.
Gellir delweddu amrywiaeth genetig poblogaeth 2017 gan ddefnyddio teclyn dadansoddi (poppr 2.0) wedi'i gysylltu â chronfa ddata pathogen EuroBlight. Mae'r rhwydwaith rhychwantu lleiaf (isod) yn dangos strwythur poblogaeth 2017, gan gynnwys clonau a nodwyd yn unig. Gwelir cryn dipyn o amrywiaeth is-glonal o fewn llinach EU_13_A13 2 oed o'i gymharu â'r hyn yn y clonau 'iau'. Mae ynysoedd 'eraill' (nas dangosir) yn enetig amrywiol ac wedi'u dosbarthu ar draws y rhwydwaith cyfan. Mae dadansoddiad manwl ar y gweill i archwilio newid poblogaeth gan ddefnyddio'r offer hyn.
(Cliciwch i ehangu)
Amrywiaeth genetig 2017 Phytophthora infestans poblogaeth wedi'i delweddu â poppr 2.0 (rhwydwaith rhychwantu lleiaf)
Mae model EuroBlight o olrhain pathogenau yn ddull cyflym, cost-effeithiol a chydlynol o ddeall esblygiad pathogen ar raddfa Ewropeaidd. Trosglwyddwyd data ar y clonau dominyddol i dyfwyr, cynghorwyr, bridwyr a chwmnïau agrocemegol i ddarparu cyngor rheoli ymarferol a llunio strategaethau tymor hwy. Mae'r data'n rhoi rhybudd cynnar o nifer a lledaeniad clonau newydd sy'n galluogi ymateb amserol gan y diwydiant.
Mae rhwydwaith EuroBlight yn parhau i gysoni dulliau â rhwydweithiau eraill yn yr America ac Asia ac yn annog cydweithredu parhaus rhwng grwpiau sy'n ymwneud â rheoli malltod hwyr i ecsbloetio'r gronfa ddata ac offer ar gyfer gwell ymwybyddiaeth a rheoli malltod ar raddfa fyd-eang.